להלן הסבר בקצרה על המהדורה החדשה- קיצור דברי העורכים – מכון רבותינו:
בהירות הדף
ריווח בין המילים והאותיות ללא מילים שבורות תחת שמירה על צורת הדף המקובלת.
תיקונים מהותיים
תיקונים מהותיים בלשון הגמרא: הועמדו צוות של תלמידי חכמים שבחנו כל שינוי גרסא שיש בה נ"מ להבנת העניין המופיע במהדורות קודמות, אם מתיישב הוא יותר לפי האמת וזאת מבלי להתערב בהגהות וציוני הגיליון שנדפסו בדפוס ווילנא.
השלמות והוספות מכתבי יד
הוספות בדברי רש"י ושאר מפרשים שלא היו מעולם ע"פ כתבי יד. במהדורתנו זכינו לחשוף גיליונות רבים מכתב יד שמשלימות קטעים מדברי רש"י והמפרשים.
מסורת הש"ס לירושלמי
עשרות אלפי קישורים בין סוגיות בתלמוד הבבלי אל המקומות שנדרשה סוגיא זו בתלמוד הירושלמי, חוץ מהמקור הטבעי שהוא בד"כ במס' הירושלמי המקבילה לזו בבבלי.
תוספתא, מרדכי, רא"ש, רי"ף
התוספתא הועצבה מחדש כראוי, נדפסו בדברי מפרשיה קטעים רבים שהושמטו עד כה.
חידושי אגדות למהרש"א
שינוי והגדלת של החידושי אגדות למהרש"א לכתב לכתב גדול וברור בכתב עברי המקובל, כמו כן צורף המהרש"א מהדורה בתרא על הדף ולא כנדפס עד היום בנפרד. עימוד למפרשים, כל המפרשים שנדפסו עד היום לאחר המהרש"א, כנימוק"י הגרי"ב, קרני ראם, וכו' צורפו בתחתית העמוד. "צוהר לבנין" פרוש חדש נוסף בשלמותו על העמוד: "צוהר לבנין". לגאון רבי משה זוננשיין זצ"ל.
פרויקט מפרשים
בפרויקט המפרשים שהודפסו בסוף כרכי התלמוד, נעשתה עבודה גדולה וחשובה, בתיקוני רבי רבבות טעויות, בדברי כל המפרשים, כאשר מטבע הדברים היו בהם טעויות רבות ושיבושים גדולים, בסיעתא דשמיא זכינו לסקלם.
ליקוטי מפרשים
כל חידושי המפרשים אשר היו מפוזרים עד כה במסכתות שונות מפאת אילוצי הזמנים ועודפי העמודים. סודרו והועברו למקום אחד במסכת הקשורה לו. והכל בצורה סדורה לפי סדר הגמרא רש"י ותוס' וכדי להקל על המעיין למצוא מבוקשו במהרה.
עיון יעקב
במהדורתנו נוסף חידוש יקר והוא חידושי ה"עיון יעקב" על העין יעקב על כל אגדות הש"ס.
ציורי הש"ס
ציורי הש"ס נערכו מחדש ע"י צוות ביקורת של תלמידי חכמים מובהקים, שפקחו עין על כל ציור וציור, לבחון שאכן מתיישב ע"פ כוונת הגמרא, או המפרש שעל דבריו נסוב הציור. כמו כן זכינו שהתגלגלו לידינו ציורים רבים חדשים המתפרסמים לראשונה ושופכים אור גדול בהבנת דברי הראשונים והמפרשים.
